Clark kehrt als Kal-El zurück nach Smallville und will seine Bestimmung erfüllen. Dazu muß er einen Kryptonit-Kristall stehlen und zeigt eine neue Fähigkeit: Er kann fliegen! In der Zwischenzeit kommt Chloes Cousine Lois Lane in die Stadt, die den Mord von Chloe aufklären will. Lana lebt unterdessen frisch verliebt in Paris, wo etwas Merkwürdiges mit ihr geschieht. Jonathan Kent liegt immer noch im Koma und Lionel Luthor sitzt im Gefängnis.

Seit dem Finale der 3. Staffel sind drei Monate vergangen. Eine junge Frau sieht sich eine Videoaufzeichnung von Chloe an, in der sie sagt, dass sie wahrscheinlich mittlerweile tot sein wird und Clark bittet, den Fall aufzuklären. Die junge Frau ist Chloes ältere Cousine Lois Lane. Chloe ist unterdessen bei der Explosion gestorben und Lois will den Tod ihrer Cousine aufklären.

Lois ist in ihrem Wagen auf dem Weg nach Smallville, um Clark zu suchen. Plötzlich schlägt vor ihrem Auto ein Blitz ein und sie findet sich am Rande eines Felds wieder. Vor ihr liegt Clark, vollkommen nackt und ohne Gedächtnis. Er weiß nicht, wer er ist, und Lois hat keinen blassen Schimmer dass er derjenige ist, den sie sucht. Lois beschließt, Clark ins Krankenhaus zu bringen. Dort hat Clark es sehr eilig, zu entkommen.

Jonathan Kent liegt unterdessen seit drei Monaten im Koma und die Ärzte haben die Hoffnung beinahe aufgegeben. Aber Martha will ihren Mann nicht aufgeben. Auf dem Gang trifft sie zufällig auf Clark, der sie jedoch nicht erkennt. Martha allerdings ist überglücklich, ihren Sohn endlich wieder zu haben und nimmt ihn mit nach Hause. Lois wird nun endlich klar, dass die Personen, die sie sucht, soeben vor ihr standen.

Zuhause versucht Martha alles, damit Clark sich erinnert... Doch es scheint vergebens, er erkennt weder Lana, noch Chloes Fotos, nur ein Foto von Jonathan bringt in Clark eine Regung zum Vorschein: Er erinnert sich, dass dieser Mann verhindern wollte, dass Clark wiedergeboren wird. Clark ist also mal wieder zu Kal-El geworden...

Lana ist immer noch in Paris und hat dort einen jungen Mann kennen gelernt. Jason und sie sind sehr verliebt ineinander und wollen ihren Geburtstag miteinander verbringen. Doch vorher muss sie noch an einem Kunstprojekt für die Schule arbeiten und ist deshalb in der Kirche. Sie paust ein Gemälde ab, das sich auf dem Boden der Kirche befindet und eine junge Frau zeigt, die Lana ein wenig ähnlich sieht. Als sie bei einem mysteriösen Zeichen angelangt ist, erscheint plötzlich ein helles Licht und etwas merkwürdiges scheint mit ihr zu geschehen... Später findet sie sich verwirrt in ihrem Apartment wieder, weiß allerdings nicht, wie sie dorthin gelangt ist. Unter der Dusche entdeckt sie, dass sie plötzlich ein Tattoo auf dem Rücken hat – es zeigt genau das Zeichen, das sie auf dem Gemälde gesehen hat.

Lex hat den Giftanschlag seine Vaters überlebt und ist unterdessen nach Ägypten gereist, wo er eine Statue mit kryptonischen Zeichen findet und sie mitnimmt. Er ist schwer krank und bedarf ärztlicher Hilfe. Nach einer Weile im Flugzeug beginnt die Staue plötzlich zu strahlen – was ein Zeichen für Clark bzw. Kal-El darstellt, die Statue zu stehlen. Er beginnt zu fliegen, reißt die Tür des Flugzeugs auf und gelangt unerkannt an die Figur.

Lois taucht bei Martha auf und hofft, wichtige Hinweise über Lionel Luthor zu erhalten, da sie davon ausgeht, dass dieser für den Tod von Chloe verantwortlich ist. Doch Martha kann ihr nicht helfen, rät ihr aber dringend, sich von Lionel fernzuhalten.

Martha versucht, mit Dr. Swann Kontakt aufzunehmen, der seine Assistentin schickt. Von dieser erhält Martha schwarzes Meteoritengestein – was für Clark die einzige Hoffnung zu sein scheint. In den Höhlen trifft sie schließlich auf Clark, und durch das schwarze Meteoritengestein erscheint Clark und vernichtet Kal-El – in dem Moment erwacht Jonathan aus seinem Koma. Clark, Martha und Jonathan sind nun glücklich, wieder zusammen zu sein.

Lionel Luthor ist im Gefängnis, und bekommt Besuch von Lois, die ihm genau wie Lex kurz vorher, vorwirft, an Chloes Tod Schuld zu sein. Natürlich streitet er es ab, aber Lois sieht nicht so aus, als würde sie so schnell aufgeben.

An Cloes Grab trifft sie schließlich auf Clark, der sich an sie erinnert und sich für sein merkwürdiges Verhalten entschuldigt. Er kann ihr dies nicht erklären, bietet aber an, ihr bei der Aufklärung von Chloes Tod zu helfen. Außerdem könne sie in der Zeit bei ihm und seinen Eltern wohnen. Als Chloe geht, wendet Clark seinen Röntgenblick an und sieht, dass das Grab leer ist: Chloe muss also noch am Leben sein...