Lex ist derjenige, in den Zod eindringen will. Nun liegt es an Clark, Lex zu töten und damit zu verhindern, dass Zod auf die Erde kommen kann. Doch Clark kann niemanden töten. Was wird also passieren? Wird er seine Meinung doch noch ändern und Lex töten oder wird Zod es noch schaffen, auf die Erde zu kommen und dort Vernichtung anzurichten?

Ein riesiger schwarzer Schatten bahnt sich langsam seinen Weg über die Kent-Farm hinweg. Die Tiere reagieren darauf sehr unruhig. Währenddessen sind Lex und Lana bei Lex, dem schreckliche Kopfschmerzen plagen und er fährt mit seinem Porsche weg. Lana fährt ihm nach und versucht, ihn telefonisch zu erreichen. Sie kommen auf einem Feld an und das Raumschiff nimmt ihn mit, nachdem ein Symbol auf dem Boden erscheint. Fine kommt ebenfalls an und sagt, dass Lex vorbereitet wird. Schließlich steht Lana mitten in dem Symbol.

Der Flug von Lois und Martha ist wegen eines Computerproblems gelöscht worden. Lionel bietet Martha an, mit einem Jet von LuthorCorp. zu ihrem Termin zu fliegen, doch Martha lehnt ab.

Lana geht Chloe im Daily Planet besuchen und spricht mit ihr über das, was mit Lex passiert ist. Das Raumschiff ist dasselbe, welches Lana am Anfang der Staffel beim zweiten Meteoritenschauer schon gesehen hat. Sie macht sich große Sorgen und denkt, dass Lex eventuell sein könnte.

Chloe geht zu Clark und erzählt ihm Lex' Geschichte, doch sie selbst versteht nichts mehr. Zod ist in ihren Augen immer noch in der Phantomzone eingesperrt. Clark denkt, dass Fine einen neuen Plan hat, um Zod dort herauszuholen, weil er gemerkt hat, dass Clark Zod nicht freiwillig befreien würde. Jor-El war jedoch immer derjenige gewesen, der Clark und die Menschheit beschützen wollte.

Clark geht in die Festung der Einsamkeit, um dort mit seinem leiblichen Vater zu reden. Er erfährt, dass Fine Teil des Raumschiffes ist. Zod war der Grund, weshalb alle Kryptonier sterben mussten und für dieses Verbrechen wurde er in die Phantomzone geschickt. Wenn er dort rauskommt, wird dasselbe mit der Erde passieren. Damit das passiert, muss er einen Behälter finden, in den er schlüpfen kann, denn sein eigentlicher Körper wurde zerstört. Clarks Aufgabe ist es nun, diesen Behälter mit einem kryptonischen Schwert zu töten, welches er von Jor-El bekommt, und damit die Menschheit zu retten.

Zurück im Daily Planet geht Clark zu Chloe. Die beiden kommen zu dem Schluss, dass Lex derjenige sein könnte, den Zod besitzen wird. Lana ist ebenfalls im Planet, ungesehen von Chloe und Clark. Sie hört nur den letzten Teil des Gesprächs, in dem Clark Chloe sagt, dass er Lex töten müsse.

In Clarks Loft will er sich noch mal das Messer anschauen, das er bekommen hat, als gerade Lionel herein kommt. Clark bekommt von ihm wieder einen Zettel, auf dem steht, dass der Körper getötet werden muss, den Zod einnehmen will, damit eben das nicht passiert. Clark gibt zu, dass er niemanden töten kann. Lionel meint, dass manchmal ein einziger sterben muss, damit die Menschheit überleben kann. Die Konterfrage von Clark ist: "Selbst wenn dieses Leben dein Sohn ist?" Lionel reagiert sehr geschockt.

Lex taucht wieder in dem Feld auf und Lionel ist ebenfalls da. Lex merkt, dass er sich da in eine schwierige Situation gebracht hat, doch sein Vater kann ihm nicht mehr helfen, weil Lex sich mit dem Teufel eingelassen hat. Gleich darauf zeigt sich, dass Lex Superkräfte bekommen hat. Mit voller Wucht wirft er seinen eigenen Vater eher unbeabsichtigt gegen ein Auto und verschwindet mit Supergeschwindigkeit. Bei Lana angekommen, erzählt er ihr sogleich die Wahrheit und zeigt ihr seine Kräfte, indem er mit der Pistole auf seine Hand zielt und abfeuert. Lana ist angewidert, doch Lex sagt, dass er immer noch derselbe sei. Daraufhin berichtet sie ihm, dass Clark versuchen wird, ihn zu töten. Die beiden verabreden sich für den Abend bei der LuthorCorp.-Plaza. Lex verschwindet so, wie er angekommen ist.

Clark besucht Lionel im Krankenhaus. Lex' Vater sagt Clark, dass Lex jetzt die selben Kräfte wie sein ehemaliger Freund hat und er mit diesen nicht so umgehen wird wie Clark, denn er wurde komplett anders erzogen. Lex wurde immer gesagt, zu überleben, egal, wie. Lionel gibt Clark noch den Rat, vorsichtig seine Entscheidung zu treffen. Lois und Martha nehmen nun doch den Jet von Lionel, was Marthas Meinung nach eine freundliche Geste von ihm war. Lois denkt jedoch, dass Lionel Gefühle für Martha hat und zeigt ihr ein Geschenk, das auf ihrem Platz steht. Clarks Mutter sagt Lois, dass sie nicht an einer Beziehung mit Lionel oder sonst jemandem interessiert sei. Lois wiederum fragt sie, ob sie nicht eher vor Clarks Reaktion Angst hat.

Clark kommt in Lex' Schloss an und trifft auf Lana. Ein heftiger Streit beginnt und Lana sagt Clark, dass Lex sein Geheimnis anvertraut hat und sie immer noch gleich über ihren neuen Freund denkt und fühlt. Lana hat außerdem Angst, dass Clark ihn verletzten wird, Clark selbst sagt, dass sie ihn kennen würde. Lana widerspricht ihm und will die Wahrheit über Lex wissen, damit Clark ihr sein Vertrauen zeigen kann. Clark versucht wie immer, die Sache zu umschreiben, doch Lana will das nicht mehr hören. Sie weiß nicht, wie sie ihn je lieben konnte.

Plötzlich ist Fine in der Mansion und sagt, dass Clark eigentlich der Körper für Zod sein sollte, doch der Geist von Jor-El einfach zu sehr in ihm stecke. Clark will Zod nie frei lassen, woraufhin Fine ihm damit droht, der Menschheit die Elektrizität zu rauben. Das würde dazu führen, dass sie durchdrehen und ihre animalischen Triebe freien Lauf lassen. Natürlich würde Clark nie das tun, was Fine will und so kommt es, wozu es kommen muss: Fine löst einen Stromausfall aus, der in Metropolis alle Lichter ausgehen lässt.

Clark ist im Daily Planet eingetroffen und versucht, Chloe zu finden. Sie denkt, dass der Virus bald alle Städte auf der Erde betreffen wird. Plötzlich kommt ein Auto durch die Scheibe und er kann seine beste Freundin in letzter Sekunde retten. Bevor Clark verschwindet, um Lex aufzuhalten, sagt Chloe, dass er nicht jeden retten kann und gibt ihm schließlich einen Kuss auf den Mund.

Im Flugzeug merkt Lois unterdessen, dass irgendetwas schief gegangen sein muss, weil sie noch nicht gelandet sind und die Ostküste eigentlich anders aussehen müsste.

Clark trifft auf Lex, die beiden haben ein Gespräch über Lana und wie Clark alle Leute belügen konnte. Lex wollte immer nur das Leben führen, was Clark lebt und eine Freundin haben und wenigstens besitzt er jetzt den Teil, den Clark am meisten geliebt hat. Lex greift Clark an und die beiden werfen sich gegenseitig durch die Gegend. Schließlich liegt Lex am Boden und Clark ist kurz davor, Lex zu töten, als Fine auftaucht. Clark wirft das Messer in Richtung Fine, genau in seine Brust. Doch dadurch lässt er Zod in Lex eindringen.

Lex ist wirklich von Zod eingenommen. Begrüßt wird Clark mit dem Worten, dass er die Augen seines Vaters hätte. Clark ist geschockt, denn Lex ist Zods Aussage zufolge tot und der einzige Grund, wieso er auf der Erde ist, ist Rache. Clark will Zod nicht die Erde zerstören lassen, wie er es mit Krypton getan hat, doch er hat keine andere Chance, es sei denn, er verbündet sich mit Zod. Natürlich macht das Clark nicht und so nimmt Zod den Ring, durch den die beiden Kryptonier in die Phantomzone geschickt wurden und wirft ihn aus der Farm in den Himmel. Sekunden später wird Clark in eben diese Richtung gezogen und verschwindet.

Lois und Martha versuchen im Jet, zum Piloten vorzudringen, was nicht gelingt. Der Sauerstoffgehalt nimmt drastisch ab und beide werden bewusstlos.

Währenddessen gibt es Massenausschreitungen in den Großstädten der USA. Chloe ist in Metropolis und kann vor einer aufgebrachten Meute in Lionels Auto fliehen. Doch die Limousine wird aufgebrochen und so sind beide, Lionel und Chloe in größter Lebensgefahr.

Lana kickt einen Angreifer aus und geht zur LuthorCorp-Plaza, um sich mit Lex zu treffen. Sie weiß aber nichts davon, dass Lex in Wirklichkeit Zod ist. Trotz allem ist sie zu Lex gekommen und will herausfinden, was mit Lex los ist. Die beiden küssen sich innig, während Clark im Weltraum in der Phantomzone gefangen ist und überall auf der Erde die Lichter beginnen, ausgehen.