Clark befindet sich in der Phantom-Zone, ein kryptonisches Gefängnis, das von Jor-El geschaffen wurde, und muss sich ohne seine Kräfte gegen einige Kriminelle behaupten, die sein Vater vor Zeiten dort eingesperrt hat. Zod, der sich noch immer in Lex' Körper befindet, setzt derweil alles in Bewegung, um die Erde in einen Planeten wie Krypton zu verwandeln. Nachdem das Flugzeug von Martha und Lois abgestürzt ist, bekommt Martha einen Hinweis von Jor-El, wie man Zod töten kann und Chloe trifft auf Jimmy Olsen.

Clark schwirrt irgendwo im Weltall umher und schaut auf die Erde zurück. Er macht einen Schritt und wird sofort tief nach unten gesaugt. Clark landet in der Phantomzone und wird von dort gleich von einigen "netten" Kreaturen begrüßt. Sie greifen ihn an, doch er wird von einer mysteriösen, eingehüllten Frau gerettet. Sie hält etwas in der Hand in die Richtung der Angreifer und sie verschwinden. Clark bedankt sich, bekommt jedoch gleich einen Fußtritt von der Frau ab, die ihn mit "Willkommen in der Phantomzone" begrüßt.

Chloe und Lionel sind immer noch in Metropolis und kämpfen gegen die aufgebrachte Masse. Es kommt ein Sicherheitsmann von Lionel, der die beiden rettet.

Währenddessen ist Lana mit Zod/Lex auf dem Dach des LuthorCorp-Gebäudes. Sie versteht nicht, warum er die Menschen nicht rettet, mit all den Fähigkeiten, die er hat. Aber Zod will die Menschen gar nicht retten und sagt, dass Lex tot sei. Als Chloe und Lionel oben ankommen, fliegt Zod gerade mit Lana weg.

Chloe und Lionel gehen zum Daily Planet-Gebäude und realisieren, dass Clark es nicht geschafft hat, Lex und Zod zu stoppen. Sie wollen den Dolch finden, mit dem Clark eigentlich Lex töten sollte und seine Aufgabe zu Ende bringen. Chloe will durch Jor-El in Lionel mehr herausfinden, doch die Verbindung der beiden ist nicht mehr vorhanden. Lionel gibt ihr eine Waffe in die Hand.

Clark in der Phantomzone wird wieder getreten, die Frau will herausfinden, wer er ist. Als Clark sagt, dass er auf Krypton geboren und auf der Erde aufgezogen wurde, weiß sie, dass er Kal-El sein muss, denn sie hat mit Jor-El zusammen gearbeitet. Sie zeigt ihm den Anhänger, den sie vorher benutzt hat, um die Angreifer zu töten. Es ist ein Gegenstand mit dem berühmten S – Symbol darauf.

Unterdessen sind Lana und Zod in einer Halle, in der das Raumschiff aufbewahrt ist und sie erfährt seinen Plan: er will sie benutzen, um einen Zeugen zu haben für das, was mit der Erde passieren wird: es soll ein Neu-Krypton entstehen. Dann berührt Zod das Raumschiff, es verschwindet und Zod nur eine kryptonische Scheibe in der Hand übrig lässt.

Lois und Martha haben den Flugzeugabsturz überlebt. Fine hat sie genau neben der Festung der Einsamkeit "abgesetzt", Lois ist aber bewusstlos. Martha bringt Lois mit in die Festung und spricht das erste Mal mit Jor-El. Er weiß aber auch nicht, wo Clark ist und sagt Martha, dass sie Lex mit dem Dolch töten und die Welt dadurch retten soll. Martha ist einverstanden, doch Jor-El soll sie zurück nach Smallville schicken. Bevor das passiert, dankt Jor-El Martha für alles, was sie für Clark getan hat.

Clark erfährt unterdessen, wer die Frau ist: Raya. Sie erzählt ihm auch, dass die Phantomzone ein Gefängnis für alle Verbrecher der 28 Galaxien ist. Die Phantome, die Clark zuvor angegriffen haben, schicken die Körperessenz des Opfers ins Niemandsland. Clark will mehr über Raya selbst erfahren. Sie war eine seiner Assistenten auf Krypton und wurde in die Phantomzone geschickt, damit wenigstens eine Person dessen Untergang überlebt. Der Anhänger von Jor-El rettete ihr immer das Leben in der Phantomzone. Raya erfährt, dass Zod auf der Erde ist. Clark will auf jeden Fall die Erde retten, nur um diejenigen zu beschützen, die er liebt, selbst wenn er dabei selbst drauf geht. Raya meint daraufhin, dass Clark wirklich Jor-Els Sohn sei.

Chloe versucht unterdessen etwas aus dem Gekritzel von Lionel herauszubekommen, als plötzlich jemand kommt. Sie schießt, doch es ist nur Jimmy.

Lana und Zod gehen in das Haus von Lex. Zod sagt ihr, dass Lex große Gefühle für sie gehabt hat. Dann lässt er den Strom mit Hilfe der kryptonischen Scheibe wiederkehren und braucht etwas aus dem Pentagon. Er will Satelliten kontrollieren und so ein Krypton mit ihm und seinen Nachfahren als Herrscher entstehen lassen. Lana versucht, Zod mit einem Schwert umzubringen, aber Zod rammt dieses in die Hand von ihr. Er sagt, dass sie einen Nachfahren bringen soll, damit sie nicht getötet werden wird. Er geht und sie zieht das Schwert aus der Wand und ihrer Hand.

Raya informiert Clark, wie man aus der Phantomzone herauskommt: man braucht das Blut der El-Familie. Dann werden die beiden plötzlich wieder angegriffen, diesmal von zwei Gefangenen, einer davon ist Nam-Ek. Sie wollen Clark töten, doch Raya meint, dass sie alle gerettet werden können mit seinem Blut.

In der Kent-Farm umarmen sich Martha und Lionel herzlich und beide sind bereit, Zod mit dem Dolch zu töten. Lana kommt dazu und sagt, dass sie am ehesten diese Aufgabe vollbringen kann, weil sie sehr nah an ihn heran kommen kann. Martha gibt ihr den Dolch und sie geht zu Lex' Haus. Lana ist bereit, ihm einen Nachkommen zu geben, doch er ist sehr skeptisch. Die beiden küssen sich und Lana nimmt den Dolch heraus, um ihn zu töten. Doch er hat sie längst durchschaut. Zod zerbricht den Dolch, bevor er die Satelliten anschaltet, um den Weltuntergang zu beginnen.

Chloe und Jimmy im Daily Planet werden plötzlich von einer kurzen Erschütterung und einem hässlichen Ton heimgesucht. Sie rettet ihn vor einem herunterfallenden Fernseher und die beiden landen aufeinander.

Nam-Ek ist gerade dabei, Clark mit einem Dolch umzubringen. Raya sagt ihm, nicht Clark, sondern nur sie selbst wissen würde, wie man das Tor der Zone öffnet und dass Nam-Ek ihr den Dolch geben müsse, damit sie Clark töten kann. Sie schneidet ihm in die Hand und er ist sehr enttäuscht, weil er ihr vertraut hatte. Nam-Ek sagt, dass Vertrauen für die Schwachen sei, bevor Jor-Els Assistentin ihm in den Hals schneidet. Raya wird der Dolch von anderen Gefangenen in die Bauchseite gerammt, in dem Moment, in dem Clark durch das Portal verschwindet. Jedoch können zwei Gestalten ihm noch folgen.

Clark landet auf der Erde und rettet Lionel und Martha, die gerade in das Erdbeben kommen, währenddessen Lana von Zod bewusstlos gewürgt wird. Clark kommt und benutzt seinen Hitzeblick, um die kryptonische Scheibe in Einzelteile zerfetzen zu lassen. Sogleich erlischt der Strahl des Satelliten. Zod und Clark führen einen Kampf, der schließlich in die Felder führt. Dort sagt Zod: "Knie vor Zod", was Clark auch macht. Zod streckt die Hand aus und Clark gibt ihm seine. In der Hand hält er allerdings den Anhänger von Raya, mit dem es ihm gelingt, Zod zu verbannen, Lex frei zu lassen und den Anhänger mit zu nehmen.

Im Krankenhaus sind viele Verletzte und Clark besucht die im Bett liegende Lois, die glaubt, im Himmel gewesen zu sein. Clark legt seine Hand auf ihre, bevor er realisiert, dass sie sich ja gar nicht so sehr mögen. Lex trifft auf Lana und sieht, dass sie an der Hand verletzt ist. Er kann sich an seine Zeit als Zod nicht mehr erinnern und will wissen, ob er das alles angerichtet hat. Lana beruhigt ihn, indem sie sagt, dass es nicht seine Schuld gewesen sei, aber trotzdem kurz davor stand, ihn zu töten. Lex hätte aber dasselbe getan, wie er ihr gesteht.

Im Daily Planet geht Clark zu Chloe, denn er will endlich erfahren, was es mit dem Kuss auf sich hatte. Doch er wird enttäuscht, denn Chloe meint, dieser sei nur deswegen entstanden, weil der Weltuntergang kurz bevor stand, das aber nichts Ernstes wird. Dann trifft Clark in einer sehr lustigen Szene endlich auf Jimmy, der ihn "CK" nennt.

Clark geht zu Martha zur Farm und erzählt ihr, dass Jor-El jetzt nicht mehr mit ihm redet. Martha erzählt Clark davon, dass Lionel nun auch keine Verbindung mehr zu Jor-El habe. Clark ist total verunsichert, weil sich alles um ihn herum verändert und er nicht weiß, wohin sein Weg ihn in der Zukunft führt. Martha sagt noch den Satz: "Jede Welt braucht ihre Helden, Clark. Sie inspirieren uns, besser zu sein, als wir sind. Und sie beschützen uns vor der Dunkelheit, die gleich um der Ecke ist.", bevor wir Lionel sehen, wie er wieder Zeichen kritzelt und "Macht" darunter schreibt.

Lex sieht ein Teil der kryptonischen Scheibe und als letztes sehen wir eines der Phantome aus der Phantomzone plötzlich in Argentinien.